Le protocole de l'APRS est le même que celui du packet traditionnel, c'est de l'AX-25, un dérivé du protocole X-25 utilisé pour le minitel.
Dans ce cas, nous allons plutôt nous pencher sur la syntaxe utilisée en APRS, celle-ci diffère totalement car il n'y a pas de connexion comme en packet avec un node ou bbs. Tout le trafic s'effectue en unproto, mode qui est utilisé par les balises, il permet de propager des informations instantanément à toutes les stations à l'écoute de la fréquence.
C'est la particularité de ce mode qui nécessite l'usage d'une fréquence unique.